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我们经常在HiC文章中可以看到类似衰减曲线(交互频率与距离变化关系),如下图：将交互信息分bin后，计算bin之间距离与交互频率关系。https://www.jianshu.com/p/4091fbabfc17

Step3： 修改输入文件格式,将hicpro 输出文件，转换成homer格式
homer格式如下：
image.png
hicpro validpair 格式： https://nservant.github.io/HiC-Pro/RESULTS.html#list-of-valid-interaction-products

#read name / chr_reads1 / pos_reads1 / strand_reads1 / chr_reads2 / pos_reads2 / strand_reads2 / fragment_size [/ allele_specific_tag]
格式转换

$ ls *.allValidPairs| while read sample ;do
echo $sample;
( nohup cat $sample | awk ‘BEGIN{FS=OFS="\t"}{print NR,$2,$3,$4,$5,$6,$7}’ > ${sample}.homer & );
done

作者：caokai001
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来源：简书
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